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参谋部也直接对皇帝负责，他的职权主要包括主掌全国兵马调遣，包括兵马的补充和屯防，更重要的是战时进行战事的布置。参谋司人员组成不固定，日常由几名兵部官员主事处置事务。但是在战时，参谋部将会无限扩大，组成人员可包括朝中任何重要官员。
也就是说，在战时，参谋部将是战争的最高决策机构。
杨晞计划，这样的制度在运行一段时间后，将参谋部从兵部里面独立出来，成为一个直接对皇帝及政事堂负责的部门。以后的兵部，将成为类似后世国防部的部门。
军队是国家的根本，必须要控制好，有几个相互制衡、相互协调才能发挥作用的部门一道指挥、掌握军队，军队发生叛乱的可能性虽然不能完全消除，但其可能性会大大降低。
他要看看自己提出的这些措施能不能适应唐朝时候的形势，能不能在这个时代发挥作用。要是实施后效果不错。后续还会进行进一步的军制改革，包括军事委员会的建立等举措。
管理军事的机构重新划定职权。下面的军制改革措施当然也跟着出来。
各镇军节度使制度取消，改为以道为基础，在全国范围内，进行大型军卫的设置和筹建，设立正式编制的卫军和州军，及类似后世的民兵后备役制度。
这一点杨晞是来自后世军区及集团军的制度。
他制定的政策是：他这个皇帝通过参谋部、情报部及兵部控制军队，而参谋部、情报部及兵部通过控制各军卫将全国的军队牢牢掌握住，这样各镇军将领手中的权力就会大大被削弱。
卫军为大唐主要的武装力量。是对外征战中主战力量；州兵负责维持地方治安。军卫设置按地域进行，在一道内设置一个卫军或者几个，也可能是几道内设置一个卫军。具体设置按各道的区域面积及人口数，还有地理位置的重要性考虑。如今各镇节度使手中的军队将被重新编制划分，在卫军建立后，各都督府的边军也都归入卫军中，卫军的职能有些相当于后世的军区和集团军的结合物。
朝廷在宣布全面组建卫军的诏令中也宣布了卫军的组成及编构：大唐的武装力量共分为三十卫军。分别以数字编排，即第一到第三十卫军，每卫军组成为一万五千到三万人，有甲、乙、丙的区别。第一到第十卫军为甲种，各卫军有两万五到三万人，下属三个卫师。卫军的主将为两名大将军，卫师的主将为将军；第十一到二十为乙种卫军，编制也为三个卫师，共两万到两万五千人；第二十一到三十为丙种卫军，每卫军两个卫师。大概一万五千到两万人左右规模。
第一至第三卫军主要由禁军改编而成，以后的职责依然是镇守京师的安全。
各卫军的主力组成人员依然如原来那样。但在以后的建设过程中，会有各技术兵种的组建和补充。
边军的编制与京军略有不同，卫军与大都护府或者大都督府是同一个班子，按地域设置都督府、镇、戍、关等，派驻一定的士兵守卫，都督府相当于卫师的编制。
另有大唐皇家水师单独成军，编制也如陆师，共有五个水师卫军，共有五万人。
如今的造船技术还很落后，杨晞期望以后能建立战力更出色的海军。
暂时保留府兵，十六卫也没撤销，但差不多是名存实亡了。各卫大将军也几乎成了荣誉称号，不过杨晞不可能马上将历史悠久的十六名消失在历史长河中的。府兵依然还是由原来各卫遥领之，类似后世的民兵组织，也作为募兵的兵源，军中的募集的兵员在服役一定时间，退役后也编入府兵中。
还有非常重要的一点，那就是军事与民生彻底分了开来。各卫军中的军饷和物资，京军通过户部直接划拨，边军由户部通过各州府发放，月俸分等发给，年节有赏，大典有赐，行军另有行装钱。这样各边军与地方互不统属，州官管有军资手上无兵，军队有兵但钱粮都要经过州府。
李隆基时候安禄山的叛乱主要是各镇节度使手中权力太大，其辖区内，军事民生一手掌握，甚至其内的官员任命及军中将领的提拔任命也是节度使说了算，各军镇俨然成了一个独立王国。并且一个节度使的任其几乎没有年限，甚至到了唐朝后期，世袭了，父亲死了儿子接任，这如何可以。
这是动乱的根本，杨晞在决定进行军制改革的时候，是铁了心要将这些弊端解除的。在这一点上，他对李隆基挺是不满，真想不到被喻为英明果断的唐明皇，怎么会制定出如此错误的举措。李隆基的错误举措给他这个新即位的皇帝带来了不少的麻烦，一上位就要进行这些方面的改革。
杨晞也知道，自己强力推广的这些举措，必定会遭遇各镇节度使的反对的。
果不其然，朝廷的诏令宣布后，动荡马上起来了。