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了很多富于“美国特色”的东西：多了不少美国水兵，日常供应变得极为丰富，舰上装设了不少咖啡售卖机，还有一个不光彩的改变——专门隔出了“有色人种专用住舱”。接下来美国人下令整修该舰，保留全部武器，还找回了一些德国投降后离去的舰员，这使德国水兵们浮想联翩：有人猜是美国要将她编入自己舰队，有人猜要卖给其他国家，也有人猜是一个富翁看上了这条军舰。
1946年1月13日，美国海军的“欧根亲王”号在德美混合舰员操纵下从威瑟蒙德起航，对长时间的港口生活感到有些厌倦的舰员们对此热情高涨，9天之后抵达目的地——美国波士顿港(期间那个“有色人种专用住舱”没有派上用场)。途中机械故障频发，德国舰员正好借此机会让美国舰员熟悉了这艘战舰，同时他们也互相熟悉。之后，一部分德国船员完成使命，启程回国，另一部分人继续留下来，协助接下来的任务。
在美国的德国舰员过得还算开心，他们第一次见到了普通美国人，而普通美国人也第一次亲眼目睹德国军人。美国人和德国人都对对方有着浓厚的兴趣，都急于知道对方真正的生活状况和这些年来的经历。有一个小插曲，“欧根亲王”号刚到波士顿时，一个美国人对一名德国水兵说：“你们长的和我们一样，做起事来也一样。”这句话使这个德国小伙子大为吃惊：“什么？难道美国人以为德国人嘴里都叼着一把刀不成？”在波士顿停留期间，德国舰长和几个船员还被当地的广播电台请去做了一个面向全美的直播节目，他们在节目里介绍了欧根亲王号的战斗经历和德国战前的日常生活。还是在波士顿的时候，这条传奇军舰的最终命运最后由几乎无所不能的媒体揭晓了：做为即将在太平洋进行的新式武器——威力无边的原子弹实验的“豚鼠”。
不久，欧根亲王号被送到费城，在那里为最后“上路”最准备。到此时为止，德国舰员已经陆续离开美国回国了，现在剩下的都是技术岗位的德国舰员，大量美国方面的人员已经上舰。在沟通上双方有一些障碍——比如各个岗位，各个部件的德-英名称转换的问题，不过到2月初，“欧根亲王”号又能出现在海上，进行试航，随船的还有许多美国海军其他人员和专家。此时，舰上的火炮系统和雷达系统都已经修复完毕，随时可以再次投入战斗，但再没这个机会了。在费城，美国人对“欧根亲王”号的主炮产生了兴趣，A炮塔的两门203毫米主炮被卸走以供研究。不过美国人对德国雷达没什么兴趣，认为其工作方式和美式雷达相去甚远，最后为了在以后的航行过程中稳妥起见，用了两天时间把原来的雷达卸掉，换上了美式雷达。在这段最后的日子里，美国媒体着重渲染了美德双方的良好关系，比如“鲜花在原纳粹军舰上盛开”之类。
1946年3月，“欧根亲王”号起程驶往其最后的归宿——马绍尔群岛的比基尼环礁。在巴拿马的巴尔博亚附近海域，美国海军对其声纳系统(和雷达系统不一样，美国人对该舰的声纳系统一直兴趣浓厚)进行了测试。扮演攻击方的美国潜艇一共发射了34枚练习鱼雷，全部被“欧根亲王”号的声纳系统所发现，并被准确定位。其间好莱坞抓住机会及时进行了骚扰：一个导演问一名德国舰员认不认识党卫队的军衔，被那个德国人有礼貌地回绝了。
在圣佩得罗港，一批德国舰员再一次起程回国。只留下了最后的必要人员，而这些最后剩下的人也将在到达加州圣迭哥时离舰回国——德国舰员们本来指望可以到夏威夷或是去比基尼看“欧根亲王”号的最后时刻。5月1日，最后一批德国舰员对这艘“幸运战舰”道了永别，现任舰长、美国海军上校格劳巴特与这些舰员一一握手道别。
1946年7月1日，“欧根亲王”号在比基尼环礁的靶场准备就绪。早上7时，A实验(原子弹空爆实验)开始。9时，一架B-29向靶舰舰队投下一枚原子弹，原子弹在水面上518英尺引爆，一些效应船沉没，但距爆心仅1194码的“欧根亲王”号却只受了点轻伤，依然在水面上飘荡。
7月25日，“欧根亲王”号又参加了第二次试验：B实验(原子弹水中爆炸实验)。上午8时35分，这次的原子弹在水中90英尺深处爆炸，大量效应船只沉没，但幸运女神仍然在顽强地保护着她的“宠儿”，距爆心仅1990码的IX-300仍然浮在水面上，甚至从外表上看不出来有什么明显的损坏。这艘“幸运战舰”把它的运气一直保持到最后一刻。由于B实验所展现出的巨大破坏力，原准备进行的C实验——深水核爆实验取消。
8月29日，饱经磨难的“欧根亲王”号退役，并于9月初拖往夸贾林环礁。基本完好但沾染了核辐射的退役战舰锚泊在夸贾林环礁附近，没有人敢靠近，它在那里寂寞地度过南太平洋一个又一个日出日落。
也许是核爆实验中所受的“内伤”开始发作，也许是厌倦了这种等待被锈蚀的生活，3个多月后的12月21日，“欧根亲王”号因风暴损坏了舰尾，并严重进水，侧倾达35度。第二天，在被拖往夸贾林环礁埃努布吉礁的途中，“欧根亲王”号倾覆在一片珊瑚礁中，地点是东经167度41分，南纬8度44分。