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因此刘重元在崇祯三年担任职方司主事之后，在历任尚书的支持下对职方司进行了大范围的改革和拓展。职方司原本只是掌管各省之地图、军制、城隍、镇戍、征讨等事；天下要冲险要，各地方官都要各画图本造册送职方司；同时，朝廷重大军事决策，皇帝倚赖兵部尚书，兵部尚书则商量于职方司。
刘重元到职方司之后，首先大力加强了军事情报工作，亲自率领职方司上下大小官吏出去搜集大明敌人的资料，探访从辽东和陕西前线回来的文官武将乃至商人难民，详加询问一切有用的情报并记录下来，然后就是没日没夜的筛选情报，然后分类整理归纳总结，为东虏、蒙古和各大流寇建立了庞大的资料库，随时备皇帝和兵部尚书以及其他相关官员咨询查阅。
这还只是基础性的资料库建设，在尝到了甜头之后，皇帝和兵部也大大加强了职方司的支持，拨款给职方司在宁远、皮岛和西安等地相继建立情报站，招募举人秀才军官商民各色人等为碟探，专司情报收集工作，到崇祯十一年职方司情报处已经将情报站扩展到开封、济南、江宁、武昌、成都、大同等十余座城市，拥有专职情报人员两千多人，每年经费高达三十余万两白银，使职方司成为大明六部最显赫最庞大的清吏司。
在强大的情报支持下，刘重元又成立了参谋处，专门分析敌军的动向，分析其用兵的方向、规模和目的，进而提出明军的应对方案，通常刘重元会提出两到三种方案，并列出各自的优点和缺点，供皇帝和兵部尚书参考。而往往之后敌军的动向印证了职方司判断的正确。
依靠着情报处和参谋处出色的工作，刘重元在朝野声名鹊起，随着对东虏战事和剿灭流寇战事的越演越烈，皇帝和兵部也越发倚重，原本早就应该升迁的刘重元也一次次耽误下来，八年时间一直担任职方司郎中一职，直到去年由杨嗣昌提议擢升兵部右侍郎衔仍管职方司，获得了皇帝和朝廷上下的一致赞同。
刘重元的两个最重要助手，职方司员外郎陈子壮和吕大器分别领情报处和参谋处，另有一名员外郎孙昌龄主管职方司原来的事务。原本职方司有六名郎中，到现在已经增加到了十一名，归属于情报处的有四人，两人分别负责后金情报和流寇情报的搜集，一人负责搜集来的情报的研判，一人负责情报整理归纳存档也就是情报库的维护；归属于参谋处的有三名郎中，一名负责监控后金动向并作出战略研判，一名负责监控流寇动向并作出战略研判，最后一名负责提出官军的应对战略部署。
孙昌龄也领导三名主事，仍然负责职方司原来负责的军制、城隍、镇戍、征讨等事务。还有一名主事是作为兵部驻山海关分司官员，主政山海关。
除此之外职方司下还有两名去年发来担任主事的丁丑科新科进士堵胤锡和揭重熙，刘重元安排他们俩在各处轮岗学习，经过一年多的历练和刘重元亲自着力培养，已经熟悉职方司整个工作流程，足以顶替即将调任的郎中。
职方司下属十几名官员，再加上车驾司郎中及相关郎中、两名司务厅司务，近二十名官员站在堂上恭听训话。刘重元首先出示了杨嗣昌的手书以及兵部大印，然后说道：“接到急报，东虏集结大军准备入寇，我判断将会走蓟州入塞侵犯京师，已经禀报本兵，本兵上朝亲自禀报陛下，请旨调关宁军、宣大军入卫以及京师戒严事。
为了让前方争取更多的应敌时间，本兵命令不等圣旨，提前以兵部的名义向蓟辽总督、顺天巡抚等有司发出预警。”本兵即是兵部尚书。
此言一出，众人大惊失色，都是在兵部实干过不是那些妄言“王师大兵一至，虏寇灰飞烟灭。”坐井观天的书生了，在兵部短则一年长则十数年，如何不知道大明面对东虏已是屡战屡败呢？
“侍郎，这是什么时候的事儿？”主管参谋处的员外郎吕大器惊问道。他与刘重元是崇祯元年的同科进士，而且名次更高，授职吏部稽勋主事，因自负其才且嫉恶如仇，更历考功主事、文选主事近八年而不获升迁，还是刘重元重其才且同年关系，所以帮忙调任兵部员外郎。
到了职方司看到刘重元刚开始搭建的这套总参谋部体系，吕大器这才知道人外有人天外有天，自己往日自负的那些才略不过是小聪明而已，而在融入了职方司之后，其博闻强识且方严敏察的能力也大大增强了参谋处。
“这个，待会儿我们再细谈，且先将警报发出去。”刘重元说着转向一旁的陈子壮，嘱咐道：“一事不烦二主，集生兄，就由你来写警报发往蓟辽总督衙门，顺天、山海关永平、昌平、密云、保定和通州巡抚衙门，还有东协中协西协监军太监，告其东虏出兵一事以及职方司的研判，着各督抚大员当以刘范董为戒，务须早做准备提高警惕，严防死守，不使东... -->>
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