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六十多亿年以前，在新生太阳的一个轨道上，无数陨石、宇宙尘埃聚合，渐渐形成以个适合生命生存的星球——地球，但是，在之后的数十亿年时间，地球并未孕育出生命。
直到四十多亿年以前，一颗巨大的星体降临地球——月球，由宇宙中的一个未知的始祖民族建造，可以说是一艘宇宙飞船，作为生命之源的载体，在宇宙中散布生命的种子。
生命之源脱离月球，植入地球的南极，外形是一颗小型星体被称作“白之月”。
白之月的生命之源，也可以称之为生命之树，本身追求终极进化，寻求可以适应各种环境的生命形态。生命之树在适合生命生存的星球上播散生命的种子，由此诞生各种各样的生命，生命之树会选择一种，并引导这种生命不断进化，当这种生命进化到顶点之后，生命之树就会将所有生命灭绝……其实也不算灭绝，只是所有生命都会融合为一体，成为拥有永恒生命的超级生命体，可以说，这个生命就是生命之树结出的果实，也就是使徒。
生命之树会将这个生命果实作为进化的蓝本，封印到白之月中。
生命之树在地球上诞生的第一个使徒，也就是生命之树的自我意志的载体，包涵了生命之树在漫长宇宙旅途中获取的所有奥秘，也是地球生命的源头，名为——亚当（Adams）。
亚当诞生之后，向荒芜的大地散播生命的种子，并引导进化，当生命进化到顶点的时候，就进行收割生命之果。等到某一天太阳燃尽的时刻，亚当会选择其中最完美的一颗生命果实，与之融合进化，再次飞上月球，踏上横渡星河的旅途。
数十亿年的时间过去，同样的生命进化的历程，已经经历了十次轮回，如果不出意外，这样的过程将继续下去，直到太阳燃尽的那一天。
正所谓无巧不成书，意外终于还是出现，也就在6500万年以前，恐龙主宰地球的时代，一个与生命之树类似的生命之源来到太阳系地球，可以称之为智慧之树，搭载它的星体也就是“黑之月”，此时，智慧之树也诞生它的第一个使徒——莉莉丝（Lilith）。
一个星球怎么容纳两个生命之源？一山不容二虎，不可避免地，亚当与莉莉丝之间爆发冲突。
莉莉丝与亚当同时发现，如果它们两者结合，再加上一颗完美的生命之果，必将诞生一个超越它们的生命体，但是，谁也不愿意被吞噬，都想成为新生命体的主导者，冲突也就演变成你死我活的战斗。
与亚当进化出优秀的基因、适应各种环境的进化方向不相同，莉莉丝走的是智慧进化路线，通过不断积累知识，获得适应环境的生存能力，乃至于改造自然。
亚当与莉莉丝是同等的存在，但是，单就力量上来说，莉莉丝比亚当弱小一些。最终，莉莉丝以受创严重的黑之月撞击地球，导致了当时地球生命的大灭绝，也就是第一次冲击。作为当时地球霸主的恐龙难逃劫数，大部分都成为地层中的化石。
第一次冲击也导致了亚当停止活动，莉莉丝本身也陷入沉睡，不过，莉莉丝也释放出了它的生命因子，它的体液LCL——生命之汤。
亚当与莉莉丝双方都陷入沉睡，但是，它们的斗争并未结束，演变为它们各自的生命因子的竞争。地球上残存的生命，也就是亚当散布的生命种子继续繁衍进化，当然，没有亚当的引导，却受到莉莉丝释放的生命因子的影响，这一次生命的进化的演化更加多样性，彼此的竞争更加激烈。
亚当引导进化是不断改变生命的基因，莉莉丝的智慧因子则是作用于生物的脑部、神经系统，改变其构造，产生智慧生命。智慧因子影响了地球上生命进程，许多生物都受到智慧因子的影响，生命不断的竞争中，最终，只有一种古猿在智慧因子的引导下，进化出一种真正的智慧生命，也就是今天的人类，在之后的百万年时间，人类迅速成为地球的主宰。
莉莉丝在智慧因子中留下，潜藏在人类的灵魂记忆之中一些信息，在人类成为真正的智慧生命之后，一些超凡的人类会记起这些信息，当然，他们自己并不明了这些信息的真实含义，只将它当做神的启示。于是，将这些信息便以宗教典籍的形式记录并保存下来。
莉莉丝告诉人类，在未来的某个时刻，又一次的生命大进化、大灭绝将来临，到时候，将会诞生同时拥有生命之果与智慧之果的生命。
这一切已经注定，谁也无法阻止。
但是，主导这一次进化的生命，究竟是亚当还是莉莉丝，作为进化蓝本的生命，是使徒中的某一个，也或者是莉莉丝的后裔人类，成为双方争夺的焦点。
理所当然，莉莉丝将希望寄托在它的后裔——人类身上，人类也是莉莉丝的使徒，它遗留的信息中，也记载了与人类的契约。
1947～1956年间，一个人类考古队，在死海西北基伯昆兰旷野的山洞发现的古代文献，由希伯来文写成，人类将之称为《死海文书》，起初也并不重视，只是作为一般的宗教典籍看待。
但是在之后的一系列重大考古发现中，人类发现许多无法解释的奥秘，这些奥秘都被《死海文书》很好的解释，并且，许多事情也已经被《死海文书》预言，人类意识到《死海文书》可能就是揭开一切奥秘的关键，于是开始破译《死海文书》的信息，终于，人类揭开了自身来源的秘密，同时也知道了未来即将发生的事情。
因为根据《死海文书》记载，第二次冲击发生之后的20年后，第三次冲击人类就会彻底灭亡，第三次冲击的一个诱因就是使徒与亚当接触，为了人类的生存与延续，人类必须进化才能生存。
于是，一部分人类按照莉莉丝遗留的讯息，开始一个巨大的计划，让人类走上进化的永生之路，也是毁灭之路。这也就是人类补完计划，消除人与人之间个隔阂，洗刷世间的一切罪恶、悲伤，将人类再次融合成初始的状态、回到莉莉斯，再得到亚当的生命之果，成为永恒的生命。
当然，真正知道这一切的，只是一小部分人，如今他们已近是人类的高层，幕后操控着一切。
从第二次冲击至今，人类补完计划逐步进行，破坏了白之月、封印了亚当，成立Nerv并建造EVA抵御使徒。如今消灭使徒只是补完计划的一小部分，但也是相当关键的一部分，可是，谁也不会想到，出现了一个《死海文书》绝没有料到的变数。
Nerv总部的一个漆黑而巨大的的房间中，悬浮一块块如同墓碑一般的黑色石碑，上面暗红色的01、02……07的数字，以及七只眼睛以倒三角形组成的标志——SEELE，也就是人类补完委员会。
石碑中间一道光亮笼罩着一个办公桌，坐着Nerv司令碇源渡，依旧那副阴沉脸，双手交叠在鼻下的姿势。
天顶之上，一段影像资料正在播放，在漆黑的房间中显得尤为醒目，影像播放完毕，房间中沉寂了一会儿，一个石碑传来一个低沉的声音：“超常生命体01，作为人类名为兰斯，《死海文书》中没有任何记载，原本以为只是一个无足轻重的小意外，但是，这次与第七舰队作战暴露了他的能力，他对人类补完计划的威胁显而易见。”
“至今我们无法找到任何关于他的详细资料，如今唯一能够想到的答案，只有外来生命再一次闯入了地球这一条，《死海文书》也不可能预料地球之外的事情。”
“盗取了生命之果，并在短时间完成进化，作为一个追求进化的生命体，他一定不会放过亚当或者莉莉丝，如果让他得手，我们人类如何自处？人类补完计划又怎么完成？”
“我们必须加快人类补完计划的进程！”
“但是，人类补完计划需要使徒的血染红大地作为祭奠，仪式所需要的时间，并不是我们想加快就可以加快的。”
“第六使徒被其以未知的方法捕捉、吞噬，那么只有他来作为替代品，也许也会是更进一步进化的一个契机。”
“尽管还不知道他的极限，但他已经拥有生命之果，以其本身的智慧，已经接近于神的存在！实在太危险，千万年的进化，他可能在几天的时间完成，不能再等，必须尽快解决他。”
“将其抓获进行研究？还是设法将其排除？”
“抓获有多大把握？排除又需要付出多大的代价？”
“这一切都难以预料。”
接下来，七个石碑展开讨论，最终意见并不统一，但是较为一致的一点是，不能放任兰斯不管，必须采取必要的措施，最好能让其成为人类补完计划的一环，但是，面对一颗可能已经是神之境界的生命，其中风险也是可与预见的。
“交给你了碇.源渡，尽管你只是负责EVA与Nerv的正常运作，但是，目前能够对抗这种生命的，大概也只有EVA了。”
“我会尽力的，但是不能保证时间，毕竟对于目标的了解太少。”
“这一点，我们清楚，一切交给你了。”
石碑上的红光消失，陷入黑暗中，一声开关跳动的声音，周围恢复明亮，只有碇.源渡坐在空旷的大厅中。
“出现了意料之外的变数，你有什么打算？”冬月耕造问道。
“无论什么，就算是神，也不能阻挡我前进的脚步。”碇.源渡面无表情，只是淡淡地道。
…………
一个小时之后，Nerv指挥大厅。
Nerv基地警报长鸣，卫星探测到位于北极的伯达尼基地发生爆炸，突发事件让Nerv所有工作人员紧张忙碌了一段时间。之后，很快传回来关于这次爆炸的情报，人类从永恒冻土中挖掘出来，用于解剖研究的第三使徒，终究还是逃脱了封印，五号机与第三使徒激战，最终与第三使徒同归于尽，伯达尼基地也在五号机的自爆中彻底抹除。
一干工作人员对于伯达尼基地的结局心惊胆战，但是，得知第三使徒毁灭，也都放松了一些。
“如你所料，他们果然出手了，这是太平洋第七舰队与兰斯战斗的影像。”赤木律子面色阴沉地出现，拿了一份影像资料丢到葛城美里面前。
“看你的脸色，难道情况很糟？”葛城美里问道。
赤木律子无奈地道：“何止是糟糕，简直是糟糕透顶，他竟然吸收了第六使徒的能力、生命之果，A.T力场还可以算是学习，这一次在如此短的时间完成这种进化，这完全不科学！”
葛城美里在大屏幕上播放兰斯与第七舰队的战斗影像，指挥大厅顿时陷入静默，此刻的兰斯活脱脱就是一个人形的第六使徒，但是，显然他比第六使徒危险得多。
只见兰斯眼部覆盖了单目眼镜一般的菱形蓝色晶体，所有人都一眼看出，正是第六使徒的躯体材质，在他的右手，是一根同样材质的长二十多米的锥体，顶端一颗小小的生命之果，锥体周围环绕六颗菱形晶体，不断旋转，在他的背部出现一个五角星模样的晶体结构，抬手就是一束能量束穿透一艘重型巡洋舰。
接下来，随着兰斯背部与手上的晶体的形态变换，射出不同威力的炮击，将一艘艘战舰轰爆。简直如同射击表演一般，除了单次射击，连续射击几乎没有间歇，同时可以发射数发炮击……各种花样。
第七舰队全灭，战舰通通沉入海底，水面上只剩下一些人在红色海水中挣扎。
“这家伙玩得挺高兴的！”葛城美里咬牙道，如果是使徒消灭人类，还没有什么感觉，但是，一个与人类一般形态的生命做这种事情，同时面带轻松惬意的表情，让她有些难以接受。沉吟一下，葛城美里问道：“碇司令也看过了吧？”
“是的。”赤木律子也没隐瞒。
“有什么命令吗？”葛城美里问道。
“他说让你按照你的想法去办，不过，前提是不能对迎战使徒的计划造成影响。”
“最开始完全不听我的建议，现在却将这么大的包袱扔给我！混蛋！”葛城美里先是气呼呼地大骂，随即露出伤脑筋的神情，低声念叨：“现在这... -->>
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